精釀啤酒在釀造過程中，不僅要用質量好的啤酒設備，而且在釀造過程中要保持無菌操作，嚴防微生物對精釀啤酒造成污染。由于微生物污染引起啤酒風味缺陷，如陳化風味，不會立即出現在成品啤酒中。微生物生長繁殖后，其代謝產物會損害啤酒的風味。這種缺陷可以通過感官的味覺及時發現。有的產生芹菜香精味，有的產生多酚香精味。對精釀啤酒的質量造成危險。
麥汁中溶解的氧氣很快被酵母消耗掉，所以好氧細菌不易繁殖，對啤酒不構成威脅。
對啤酒最危險的厭氧細菌)是乳桿菌和球菌。乳酸菌能使啤酒產生酸味，并伴有渾濁和沉淀。硅藻土過濾和紙板過濾不能完全去除乳酸菌，但仍有部分殘留在清酒中。球菌感染也產生雙乙酰。球菌可以通過硅藻土過濾或紙板過濾去除。發酵啤酒中的球菌大多是灌裝過程中的二次污染。
   預防措施
A加強衛生管理，保證啤酒生產的健康。
B.嚴格對設備和管道進行清潔消毒，定期檢查清洗劑的濃度、溫度和使用時間，加強工藝衛生死角的管理。
C.建立完善的衛生采樣點，對生產全過程、半成品、成品進行嚴格的衛生檢驗，條件允許時進行厭氧微生物檢驗。
D.啤酒的感官味道應制度化，以便及時發現問題，采取有效的技術措施。